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金門朱子祠，立於清康熙二十六年（1687年），設於浯江書院內。乾隆三十五年（1770年），通判程煜以書院狹隘，倡議興建堂廡，但因離任而未成。後由仕紳黃汝試買下，改作書院，並奉祀朱子、魁星、文昌帝君、福德正神，以及金門鄉賢許升、呂大奎、林希元、王力行、丘葵、許獬等。乾隆四十六年1781年），書院原址被徵收為縣丞署，在西側之義學原址，重新闢建為書院及朱子祠。

朱子祠為三開間之歇山重簷建築，四周有檐廊，前有月臺伸出，供接詔行禮之用，簡樸莊嚴。現範圍內有道光十八年（1838年）的「浯江書院膏火碑記」、「捐克膏火芳名錄」，以及大門上方懸有漢學大師錢穆所題之「朱子祠」三字匾額，均為珍貴文物。