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金门朱子祠，立於清康熙二十六年（1687年），设於浯江书院内。干隆三十五年（1770年），通判程煜以书院狭隘，倡议兴建堂庑，但因离任而未成。後由仕绅黄汝试买下，改作书院，并奉祀朱子、魁星、文昌帝君、福德正神，以及金门乡贤许升、吕大奎、林希元、王力行、丘葵、许獬等。干隆四十六年1781年），书院原址被徵收为县丞署，在西侧之义学原址，重新辟建为书院及朱子祠。

朱子祠为三开间之歇山重檐建筑，四周有檐廊，前有月台伸出，供接诏行礼之用，简朴庄严。现范围内有道光十八年（1838年）的「浯江书院膏火碑记」、「捐克膏火芳名录」，以及大门上方悬有汉学大师钱穆所题之「朱子祠」三字匾额，均为珍贵文物。